《绣春刀2》赦免三个人是沈练、丁白缨、裴纶。在崇祯帝最后继位之后,赦免了原先有过错误的三人。崇祯帝的这种做法可以让三个武艺高强的人重新被朝廷起用,从而也增强了自己的政治势力。这部影片中发生故事的历史背景是明朝崇祯年间,故事中既有悬疑神秘的色彩,也有充满热血的英雄主义色彩。
主人公沈炼本来是北镇服抚司的一名锦衣卫,但是却在一次追查案件的时候,陷入了别人的陷阱中。沈炼发现原来这是一个天大的阴谋,而自己已经无法立证清白。为了找到对方诬陷自己的证据,沈炼和同僚裴纶以及一名神秘的少女北斋,一起踏上了寻求真相的道路。
这名神秘的少女其实是一个画师,沈炼正是因为在扫除乱党的任务中救了北斋,不得不杀死了自己的同事。从此沈炼踏上了亡命逃亡之路,但是他却在逃亡的过程中,发现这是一个被人设计好的陷阱。在逃亡的过程中,沈炼还被迫在一名神秘女子的威胁之下,烧掉了锦衣卫经历司。
因为身处乱世又有着救命之恩,北斋与沈炼之间渐渐萌生了情愫,但是这一切事情的发生,却是被一个幕后的黑手操纵着。这个幕后黑手操纵的并不仅仅是沈炼的安危,而是整个朝局的政治斗争。沈炼就是这样被卷入了一场复杂的政治漩涡中,每个人就像是棋子一样,正处于严酷的修罗场中。